U9 wurde als erstes Boot seiner Klasse am 15. Juli 1908 in Auftrag gegeben und in der Kaiserlichen Werft in Danzig auf Kiel gelegt. Der Stapellauf erfolgte am 22. Februar 1910, die Auslieferung am 18. April 1910. Am 16. Juli 1914 gelang es der Mannschaft von U 9 - zum ersten Mal überhaupt - während einer Tauchfahrt Torpedos nachzuladen.
Am 22. September 1914 versenkte U 9 unter dem Kommando von Kapitänleutnant Otto Weddigen ca. 50 km nördlich von Hoek van Holland nacheinander die drei britischen Panzerkreuzer HMS Aboukir, HMS Hogue und HMS Cressy. Dabei verloren etwa 1.500 Menschen ihr Leben, ca. 800 konnten gerettet werden. Auf der nächsten Feindfahrt konnte das Boot am 15. Oktober vor Aberdeen den britischen Geschützten Kreuzer HMS Hawke versenken. Nach Weddigen und seiner Besatzung bekam nun auch das Boot selbst eine Auszeichnung, indem es fortan ein Eisernes Kreuz am Turm führen durfte. Außer U 9 wurde im Ersten Weltkrieg nur dem Kleinen Kreuzer SMS Emden diese Ehrung zuteil.
Am 12. Januar 1915 wurde der Erste Wachoffizier Johannes Spieß Otto Weddigens Nachfolger. Unter seinem Kommando verlegte U 9 in die Ostsee und wurde dort zum Minenleger umgebaut. Am 5. November 1915 wurde ein russisches Minensuchboot versenkt. Dies war der fünfte Kriegsschiffserfolg von U 9. Spieß kommandierte U 9 bis zum 19. April 1916. Anschließend wurde es bis Kriegsende in Kiel als Schulboot eingesetzt. Am 26. November 1918 wurde das Boot an Großbritannien ausgeliefert und 1919 in Morecambe, Lancashire abgewrackt.
Insgesamt unternahm U 9 sieben Feindfahrten und versenkte dabei fünf Kriegsschiffe mit 44.173 Tonnen und 13 Handelsschiffe mit 8636 BRT. Kein anderes Boot hat während des Ersten Weltkrieges mehr Kriegsschiffe versenkt.